O Instituto São José foi fundado, em 19 de março de 1931, pelas Religiosas Ursulinas. A vinda das irmãs foi uma resposta ao pedido feito por Dr. Eduardo Alves Dias ao Arcebispo de Fortaleza Dom Manuel da Silva Gomes. A vinda das Ursulinas para Aracati teve por finalidade a educação e instrução primária de crianças e jovens aracatienses com atividades artísticas: aula de pintura, piano, bordado a mão e iniciação ao Francês. O supracitado programa atendia alunos em período regular e integral.

O Instituto São José iniciou suas atividades numa antiga residência doada pela sociedade aracatiense que, posteriormente, foi adaptada e ampliada.

As Religiosas Ursulinas passaram a enfrentar grandes dificuldades em decorrência de uma seca prolongada que assomou o Ceará e em Aracati fez chegar os seus flagelos. Inadaptadas àquele terrível cenário, elas entregaram a escola à sociedade aracatiense e deixaram a cidade. Mais uma vez, o Dr. Eduardo Alves Dias entrou em cena e solicitou ao Arcebispo de Fortaleza, Dom Manuel da Silva Gomes, que as Filhas da Caridade de São Vicente de Paulo assumissem o projeto educacional implantado pelas Religiosas Ursulinas.

As Filhas da Caridade criaram o Patronato São José- para instruir e educar crianças e jovens pobres- e, posteriormente, uma escola noturna para mulheres, domésticas e operárias da fábrica de tecidos Santa Tereza.